Lepo pozdravljeni,
Prijazen opomin, da imamo jutri pri predmetu Laboratorijski praktikum naslednje vaje, ki se začnejo ob 7.30. V vednost; v sklopu vaj boste za domov prejeli večje pladnje s petrijevkami, zato se malo organizirate za prevoz, saj boste morali nekatere meritve delati doma in-situ.
Za jutrišnje statistične vaje, si prosim vsi naložite R verzijo 4.5.2 če boste delali na osebnih računalnikih, ter slednje programske pakete: VEGAN, GGPLOT, BiocManager, dplyr, phyloseq. Tu je koda, ki jo lahko zaženete, v kolikor ne bo šlo, bomo namestili v sklopu vaj.
if (!requireNamespace("vegan", quietly = TRUE)) install.packages("vegan")
if (!requireNamespace("ggplot2", quietly = TRUE)) install.packages("ggplot2")
if (!requireNamespace("dplyr", quietly = TRUE)) install.packages("dplyr")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
if (!requireNamespace("phyloseq", quietly = TRUE)) BiocManager::install("phyloseq", ask = FALSE, update = FALSE)
if (!requireNamespace("biomformat", quietly = TRUE)) BiocManager::install("biomformat", ask = FALSE, update = FALSE)
if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE)) install.packages("remotes")
# qiime2R odpre že narejene datoteke .qza in jih pretvori v phyloseq.
if (!requireNamespace("qiime2R", quietly = TRUE)) remotes::install_github("jbisanz/qiime2R", upgrade = "never")
LP
Aja Bončina